DnaMan使用教程

DnaMan是由美国LynnonBiosoft公司推出的一款高度集成化的分子生物学应用软件，对于初学者来说使用起来可能会有些困难，下面分享一个DnaMan使用教程，不知道怎么使用的朋友可以参照下述教程操作，一起来看看吧！
一、将待分析序列装入Channel
1.通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为 channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel2.通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数
二、以不同形式显示序列
1.通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框
2.根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式,可选择:
1)显示序列和成分
2)显示待分析序列的反向序列
3)显示待分析序列的反向互补序列
4)显示待分析序列的互补序列
5)显示待分析序列的双链序列
6)显示待分析序列的对应RNA序列
3.参数说明如下
Results 分析结果显示
其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）
Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性）
circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析， 如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
三、序列同源性分析
1)两序列同源性分析
1.通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框
2.参数说明如下
Alignment method 比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。（dna 序列：k-tuple 值可选范围2—6；蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3
2)多序列同源性分析
1.通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框
2.参数说明如下
a.从文件中选择参加比对的序列
b.从文件夹中选择参加比对的序列
c.从channel 中选择参加比对的序列
d.从数据库中选择参加比对的序列
e.清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）
f.清除全部序列