在一块名为方可乐的岛屿上生活着许多方块造型的宝可梦们,虽然宝可梦是方形的但是照样软萌可爱,丝毫不影响我们这些精灵训练大师们的收集欲!与以往的宝可梦游戏不一样,在这款游戏中我们需要通过制作料理来吸引宝可梦并捕捉他们成为我们的宠物,而并非是战斗后使用精灵球来捕捉。玩家以探险家的身份带着由西尔佛公司生产的无人机摩比IV进入方可乐岛探险。岛上存在着文明的迹象,不过文明已经消失。刚开始,摩比IV行为异常,因此探险家重启了它。重启后摩比IV发现它没有记录任何关于方可乐岛的数据,于是你只好从五只宝可梦:皮卡丘、伊布、妙蛙种子、小火龙和杰尼龟中选择了一只,作为同行的搭档开始了在方可乐岛上的探险之旅。